Terminada su educación secundaria estudia, entre 1962 y 1968, Medicina Veterinaria en la Universidad Austral de Chile, en la ciudad de Valdivia. A su término, da un giro drástico a su vocación e ingresa a la carrera de Cine y Teatro en la Universidad Católica de Santiago. Realiza luego sus primeros documentales, Nutuayin Mapu y Descomedidos y Chascones. Este último es un trepidante testimonio sobre la vida de los jóvenes en los años de la Unidad Popular. Su estreno estaba previsto exactamente para el día 11 de septiembre de 1973, lo que naturalmente no pudo hacerse. A diferencia de otros cineastas, no abandona el país tras el golpe de Estado, y sobrevive en los primeros años filmando cortos publicitarios. En 1976 realiza Pepe Donoso, testimonio sobre el escritor chileno, José Donoso, premiado por  los críticos de arte de la época. Entre 1978 y 1981 trabaja en publicidad para la firma Walter Thompson, pero en 1982 se independiza y forma su propia productora. Poco antes emprende el rodaje de su película más importante, El Charles Bronson chileno, un largo documental construido en torno a una preocupación que ronda a su realizador: la manía chilena de la copia, el tic sociocultural de querer “ser parecido a...” Desarrolla su tema filmando a un modesto personaje que vive obsesionado por su semejanza física con el actor hollywoodense, hecho que lo lleva a ser presentado en un popular programa de televisión. En los años siguientes, Flores combina su labor como publicista dirigiendo durante años en televisión el programa “En torno al video”. En 1988 participa en el equipo que realiza la llamada Franja Política el No, que apoya a la oposición en el plebiscito convocado ese año por Pinochet. En 1993 y años siguientes realiza en video diversos documentales, entre ellos, Gonzalo Rojas, Humberto Díaz Casanueva, Poetas del sur y Donoso por Donoso. En 1994 funda la llamada Escuela de Cine de Chile, que dirige, y en la que ejerce además la docencia. En sus años de funcionamiento, la Escuela dio origen a varios largometrajes realizados por sus alumnos y difundidos en los circuitos de exhibición comercial establecidos.

(Por Luis C. Candia, extraído del "Diccionario del Cine Iberoamericano"; SGAE, 2011)