Escritor, poeta, director, guionista. Artista multifacético de familia de orígen ucraniano-judío. Nacido en Tocopilla, en el norte de Chile, crece en una familia de comerciantes, quienes se trasladan a vivir a Santiago cuando Alejandro tiene 10 años. Tempranamente demostró sus dotes artísticas, publicando poesías cuando tenía 16 años. Poco años después, se suma a la llamada generación del 50, relacionándose con poetas como Nicanor Parra, Enrique Lihn y Stella Díaz Varín, al mismo tiempo desarrolla su interés por la pantomima y las marionetas. Fue por entonces donde funda la tropa "Teatro Mímico", junto a Lihn. En 1947 se matricula en cursos de Filosofía y Psicología en la Universidad de Chile, a los que acude sólo durante dos años. Por entonces, trabaja activamente en piezas dramáticas con títeres y en distintas improvisaciones teatrales.

En 1950 crea el Teatro de Títeres del Teatro Experimental de la Universidad de Chile (TEUCH). En 1952 forma parte del collage "Quebrantahuesos", una especie de poesía mural hecho con recortes de diarios, en donde también participa Lihn, Parra, Jorge Sanhueza y Luis Oyarzún, entre otros. En 1953 se va de Chile y se radica en París para estudiar pantomima con Étienne Decroux, maestro de Marcel Marceau, con quien luego realiza giras por todo el mundo.

Inserto ya en el mundo cultural y artístico parisino, debuta en la realización cinematográfica en 1957 dirigiendo el corto La Cravate, un filme de mimica, sin diálogos. En 1958 llega a México, donde termina instalándose dos años después, y en donde vivirá hasta 1974. A su llegada a México en 1960, Jodorowsky se interesó por temas psicológicos y místicos, lo que le llevó a iniciarse en la psicoterapia.

Pero es acá donde su carrera cinematográfica es retomada y logra sus mayores logros. Influenciado fuertemente por el cine de Luis Buñuel, por el esoterismo y el surrealismo, dirige en 1968 Fando y lis, basada en la obra de Fernando Arrabal. Estrenada en el Festival de Acapulco provoca un revuelo tal que debe salir huyendo debido al malestar general que provoca el filme. Finalmente, es defendida por Roman Polanski, quien estaba presente en el certamen.

En 1970, estrena su película más importante y reconocida mundialmente: El Topo. Una especie de spagetti western lisérgico, el cual también protagoniza. El filme tiene una gran influencia dentro del underground newyorkino. Es gracias a esto que puede filmar su siguiente cinta La Montaña Sagrada (1973), en donde se rumorea la participación de John Lennon en la producción y con George Harrison como protagonista, cosa que no ocurre ya que se niega al requerimiento de Jodorowsky de filmar un plano de su ano.

En los siguientes años comenzará a evaluar la posibilidad de adaptar la novela Dune, una super producción que nunca logra concretar. Tras media década sin dirigir, filma Tusk, una producción francesa rodada en India. Rueda nuevamente en México su cuarto largometraje: Santa sangre (1989). Contra su voluntad dirige The Rainbow Thief (1990), protagonizada por Omar Sharif y Peter O'Toole, uno de sus mayores fracasos.

En 2012 comienza el rodaje y la producción de su única película chilena: La danza de la realidad, adaptación de su autobiografía homónima, centrada en su infancia en Tocopilla. El filme se estrena en la Quincena de realizadores del Festival de Cannes 2013.